我校“管理科学与工程”学科始建于 1981 年， 1982 年开始招收“管理工程”专业本科学生， 1993 年获硕士学位授予权， 1996 年成为福州大学“ 211 工程”重点建设学科， 2003 年获“工业工程”领域工程硕士授予权， 2004 年获“物流工程”领域工程硕士授予权， 2005 年获“项目管理”领域工程硕士授予权， 2005 年成为福建省软科学研究基地， 2005 年成为福建省重点学科， 2006 年获一级学科博士学位授予权。 2012 年，获批“管理科学与工程”博士后科研流动站。
近年来经过“ 211 工程”重点建设，该学科在管理系统工程、科技管理、信息管理与信息系统、物流管理、金融工程等研究方向上已形成特色，并获得了一系列有影响的系统性研究成果。
2007 年经国务院学位委员会批准，在管理科学与工程一级学科博士点下增列了管理系统工程、科技与教育管理、信息管理与信息系统、物流管理、金融工程、电子政务与区域资源管理、政策科学与政府管理创新等七个二级学科博士点。